В неоновом киберпанке будущего, где человечество слилось с технологиями, Мотоко Кусанаги и её команда из Девятого отдела сталкиваются с новым видом киберпреступности. На этот раз угроза исходит из глубин самой сети, где рождаются “слезы призрака” - вирусы, способные стирать личность и воспоминания. Расследование приводит их к загадочной корпорации, экспериментирующей с человеческим сознанием. Мотоко предстоит столкнуться с вопросами идентичности и цены прогресса, чтобы остановить надвигающуюся катастрофу и защитить то, что осталось от человечности в мире машин.